巡航导弹和弹道导弹这两种导弹最直观的差异在它们的外形，一般弹道导弹的外形非常巨大，弹体几乎和一颗普通树木那样粗，而巡航导弹更像是缩小版的弹道导弹，一枚弹道导弹的体积是巡航导弹的几倍甚至十几倍，两种导弹还有一种明显的区别是弹道导弹是没有飞行机翼，而巡航导弹几乎都设计有飞行机翼，是什么原因导致这样的区别？主要还是因为这两种导弹的发动机造成的，弹道导弹的发动机是火箭发动机，可以依靠发动机就可以调节飞行姿态，而巡航导弹则需要依靠飞行机翼进行调整。
除了外形的差异以外，弹道导弹与巡航导弹的飞行姿态也有很大不同，弹道导弹装备的是具有强大推力的火箭发动机，所以飞行高度很高，几乎可以达到地球大气层外面，当火箭发动机把弹道导弹推向最顶端的时候，发动机就会停止工作，导弹在利用抛物线原理按照预定轨道攻击目标，导弹按照上面轨迹的抛物线，需要集中上面目标，都事先计算好参数了的，当导弹的弹头进入攻击末端的时候，是无法通过人工干预改变其飞行的弹道了，不过处于末端攻击状态的弹道导弹飞行速度极快，到达10-20马赫，所以非常难以拦截，后来为了增加拦截的难度，又为弹道导弹设计出蛇形弹道，反导系统对此毫无办法。
弹道导弹飞行轨迹就像一条抛物线，这就是所谓的“弹道”
弹道导弹是按照固定的抛物线弹道进行飞行攻击，而巡航导弹就不是这样了，巡航导弹的飞行原理其实和战斗机差不多，都是依靠空气和启动布局获得推力和升力实现匀速飞行的“导弹版”战斗机，其实也可以把巡航导弹理解成为一种搭载有导弹的飞行器，这就决定了巡航导弹可以根据实际情况通过制导系统、卫星进行实时的变轨，比如可以调节巡航导弹的巡航高度，可以调节巡航导弹的飞行仰角等等。这是弹道导弹与巡航导弹的飞行姿态区别，弹道导弹是抛物线，巡航导弹是不规则平行线。
巡航导弹以平行轨道飞行，还可以随时调整
从载弹量上来看，弹道导弹的载荷远远大于巡航导弹，而随着技术的发展，弹道导弹的多弹头技术可以攻击不同的目标，比如搭载10个分导式弹头的弹道导弹可以攻击10个不同地方的目标，如果是核弹头，那么10个弹头就可以摧毁10座城市了。而如今的巡航导弹依然还是只有一个弹头，不过由于体积的限制巡航导弹不可能发展成为多弹头。从射程来看来区分的话，弹道导弹的最远射程可以达到1.5万公里，而巡航导弹的极限射程只有2000公里。
从执行的任务上来看，弹道导弹基本执行都是战略任务，打击的是敌人战略目标或者大型目标，而巡航导弹是战术武器，一般执行战术任务，攻击中小型目标。发射方式方面，弹道导弹发射方式有路基发射井、战略核潜艇、战略轰炸机、而巡航导弹可以通过车载、常规潜艇、战斗机方式进行发射。从管辖方面考虑的话，弹道导弹作为战略武器，对技术、经济实力都非常讲究，也只有大国强国才玩的起，而巡航导弹一般国家基本可以负担。